HYPERCHEM TUTORIAL PDF

Yozshuhn CHypercubeInc. Clicks on the cell corresponding to the retinal terminal carbon. Optimizes the alignment if necessary. Performs the procedure of the human Rhodopsin homology modeling tutorial. Loads the final alignment table to the program.

Author:Kehn Brajind
Country:Kazakhstan
Language:English (Spanish)
Genre:Education
Published (Last):10 February 2016
Pages:145
PDF File Size:14.15 Mb
ePub File Size:15.22 Mb
ISBN:624-6-53637-940-6
Downloads:21906
Price:Free* [*Free Regsitration Required]
Uploader:Shaktilabar



Choose the Glucose command button to create a glucose residue in HyperChem. Choose the 14 connection type by selecting it from the list. Change f and y to Repeatedly click on the Glucose command button, once for each residue you wish to add to the chain. L-click in the upper right-hand corner of the Aldoses dialog box and the Sugar Builder Module to close the sugar builder. Switch back to HyperChem to view the polysaccharide. The module has is own structure, menus, and dialog boxes.

See the manuals for a more complete description of the Crystal Builder Module. Sebagai gambaran berikut ini dijelaskan secara singkat metode komputasinya. Metode Kimia Komputasi Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu mekanika molekuler dan metode struktur elektronik yang terdiri dari metode semiempiris dan metode ab initio.

Metode yang sekarang berkembang pesat adalah teori kerapatan fungsional density functional theory, DFT. Banyak aspek dinamik dan struktur molekul dapat dimodelkan menggunakan metode klasik dalam bentuk dinamik dan mekanika molekul. Medan gaya force field klasik didasarkan pada hasil empiris yang merupakan nilai rata-rata dari sejumlah besar data parameter molekul. Karena melibatkan data dalam jumlah besar hasilnya baik untuk sistem standar, namun demikian banyak pertanyaan penting dalam kimia yang tidak dapat semuanya terjawab dengan pendekatan empiris.

Jika ada keinginan untuk mengetahui lebih jauh tentang struktur atau sifat lain yang bergantung pada distribusi kepadatan elektron, maka penyelesaiannya harus didasarkan pada pendekatan yang lebih teliti dan bersifat umum yaitu kimia kuantum.

Pendekatan ini juga dapat menyelesaikan permasalahan non-standar, yang pada umumnya metode mekanika molekuler tidak dapat diaplikasikan. Kimia kuantum didasarkan pada postulat mekanika kuantum. Persamaan ini berkait dengan sistem dalam keadaan stasioner dan energi mereka dinyatakan dalam operator Hamiltonian.

Operator Hamiltonian dapat dilihat sebagai aturan untuk mendapatkan energi terasosiasi dengan sebuah fungsi gelombang yang menggambarkan posisi dari inti atom dan elektron dalam sistem. Pendekatan dinamakan ab initio jika metode tersebut dibuat tanpa menggunakan data empiris, kecuali untuk tetapan dasar seperti massa elektron dan tetapan Planck yang diperlukan untuk sampai pada prediksi numerik.

Jangan mengartikan kata ab initio sebagai penyelesaian eksak. Kelemahan metode ab initio adalah kebutuhan yang besar terhadap kemampuan dan kecepatan komputer. Dengan demikian penyederhanaan perhitungan dapat dimasukkan ke dalam metode ab initio dengan menggunakan beberapa parameter empiris sehingga dihasilkan metode kimia komputasi baru yang dikenal dengan semiempiris.

Metode semiempiris dapat diterapkan dalam sistem yang besar dan menghasilkan fungsi gelombang elektronik yang baik sehingga sifat elektronik dapat diprediksi. Dibandingkan dengan perhitungan ab initio, realibilitas metode semiempiris agak rendah dan penerapan metode semiempiris bergantung pada ketersediaan parameter empiris seperti halnya pada mekanika molekul.

Skema Pembagian Metode Kimia Komputasi. Skema Karakterisasi Metode Kimia Komputasi Metode Mekanika Molekuler Metode mekanika molekuler menyediakan pernyataan aljabar yang sederhana untuk energi total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi gelombang atau kerapatan elektron total.

Pernyataan energi mengandung persamaan klasik sederhana, seperti persamaan osilator harmonis untuk menggambarkan energi yang tercakup pada terjadinya uluran, bengkokan dan torsi ikatan, gaya antar molekul seperti interaksi van der waals dan ikatan hidrogen.

Dalam metode mekanika molekular, data base senyawa yang digunakan dalam metode parameterisasi merupakan hal yang krusial berkaitan dengan kesuksesan perhitungan. Himpunan parameter dan fungsi matematika dinamakan medan gaya force-field. Dibandingkan dengan metode-metode kimia komputasi yang lain, metode mekanika molekuler mempunyai sisi baik dan sisi buruk. Sisi baik dari mekanika molekuler adalah dimungkinkannya modeling terhadap molekul yang besar seperti halnya protein dan segmen dari DNA tanpa kapasitas komputer yang besar dengan proses perhitungan komputer yang tidak terlalu lama.

Sedangkan metode komputasi yang lain juga mampu modeling terhadap molekul besar namun memerlukan kapasitas komputer yang besar dan proses perhitungannya memerlukan waktu yang lama. Sisi buruk dari mekanika molekular adalah banyak sifat kimia yang tidak dapat didefinisikan dengan metoda ini.

Misalnya dalam proses dan hasil perhitungan. Metode mekanika molekuler hanya mampu memvisualisasikan perhitungan energi total tetapi pada metode semi empiris selain memvisualisasikan perhitungan energi total juga mampu memvisualisasikan perhitungan panas pembentukan. Mekanika molekul dikembangkan untuk mendiskripsikan struktur dan sifat-sifat molekul sesederhana mungkin. Bidang aplikasi mekanika molekular meliputi : Molekul yang tersusun oleh ribuan atom. Molekul organik, oligonukleotida, peptida dan sakarida.

Molekul dalam lingkungan vakum atau berada dalam pelarut. Senyawa dalam keadaan dasar. Quantum mechanics A theory of electron movement and interactions based on the recognitions that electrons travel in a limited number of orbits around an atomic nucleus, and that each orbit is characterized by a specific radius and energy.

Electrons can move from one orbit to another by absorbing or emitting discrete packets of energy, known as quanta. Moving electrons have the properties of both particles and waves and an orbital using the wave aspect to describe the probability of finding an electron at a particular point in space. The Schrodinger equation and its derivatives describe completely the behavior of electrons relative to a fixed nucleus. Using these equations, it is possible to accurately describe electrons and the behavior of chemical compounds.

Semi-empirical calculations in HyperChem use approximate solutions of the Schrodinger equation, plus empirical data parameters , to predict electronic properties of molecular systems. Ab initio calculations use different approximations to the Schrodinger equation, without empirical parameters.

Semi-empirical A type of quantum mechanics chemical calculation that uses parameters derived from experiments to simplify the calculation process. Huckel A simple and approximate method for semi-empirical quantum mechanics calculations. The Extended Huckel method used in HyperChem is useful only for single part calculations, not for geometry optimization or molecular dynamic calculations. Extended Huckel calculations produce qualitative or semi-quantitative descriptions of molecular orbitals and electronic properties for example, net atomic charges and spin distributions.

This is the simplest of the SCF methods for semi-empirical quantum mechanics calculations. It is useful for calculating ground state electronic properties of open- and closed-shell systems, geometry optimization, and total energy. This is an SCF method for semi-empirical quantum mechanics calculations.

It improves on CNDO by accounting for certain one-center repulsions between electrons on the same atom. Useful for calculating ground-state electronic properties of open-and closed-shell systems, geometry optimizations, and total energy.

Useful for large organic molecules, cations, and polynitro compounds. Calculates electronic properties, geometry optimizations, and total energy.

Useful for various organic molecules containing elements from long rows 1 and 2 of the periodic table, but not transition metals. Calculates electronic properties, optimized geometries, total energy, and heat of formation. An improvement of the MNDO method.

Useful for molecules containing elements from long rows 1 and 2 of the periodic table, but not transition metals. PM3 is a reparametrization of the AM1 method. PM3 has been parameterized for many main group elements and some transition metals. Ab initio method Perhitungan komputasi dinamakan ab initio jika metode tersebut dibuat tanpa menggunakan data empiris, kecuali untuk tetapan dasar seperti massa elektron dan tetapan Planck yang diperlukan untuk sampai pada prediksi numerik.

Metode ab initio tidak dapat disebut penyelesaian eksak. Ab initio calculations can be performed at the Hartree-Fock level of approximation, equivalent to a self-consistent-field SCF calculation. The post Hartree-Fock level includes the effects of correlation which are not inducted at the Hartree-Fock level of approximation of a non-relativistic solution to the Schrodinger equation within the clamped-nuclei Born-Oppenheimer approximation.

HyperChem performs ab initio SCF calculations generally. It also can calculate the correlation energy to be added to the total SCF energy by a post Hartree-Fock procedure call MP2 that does a Mailer-Plesset second-order perturbation calculation. The MP2 procedure is only available for single point calculations and only produces a single number, the MP2 correlation energy, to be added to the total SCF energy at that single point configuration of the nuclei.

However, a well-defined basis set will predict electronic properties using fewer terms than a poorly-defined basis set. Thus, choosing a proper basis set in ab initio calcuations is critical to the rellability and accuracy of the calculated results. One would like to define, in advance, the standard basis sets that will be suitable to most users. However, one also wants to allow sophisticated users the capability to modify existing basis sets or to define their own basis sets.

We have thus defined a HyperChem basis set file format, and the HyperChem package includes a number of these. BAS files that define standard basis sets. Users can also define as many of their own basis sets as they like using this file format.

Many conventional and commonly-used ab initio basis sets are supported in HyperChem. Oleh karena itu perhitungan-perhitungan penyelidikan dilakukan pada suatu sistem molekul yang memiliki struktur geometri yang tertentu. Bagaimana energi suatu sistem molekul berubah sejalan dengan perubahan kecil pada strukturnya digambarkan oleh energi potensial permukaannya. Inti prosedur optimasi suatu struktur molekul adalah membandingkan energi struktur yang didapatkan dengan struktur sebelumnya.

Energi struktur yang lebih rendah dari sebelumnya menunjukkan kestabilan struktur dibandingkan sebelumnya. Prosedur ini diulang sampai mendapatkan energi struktur yang tidak jauh berbeda dengan sebelumnya.

Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia. Ada 4 jenis metode optimasi yang sering digunakan, yaitu : Steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pada struktur awal.

Conjugate gradient Fletcher-Reeves untuk mencapai konvergensi yang efisien. Algoritma Conjugate gradient lebih baik digunakan dibandingkan dengan algoritma Steepest descent. Perbedaan terdapat pada metode perhitungannya. Langkah-langkah optimasi Select the atoms for optimization, or deselect all atoms to optimize the whole molecular system. Specify the algorithm used to calculate the minimum potential energy. Algorithm Specify the options for the calculations. Options Specify how often to refresh the screen by entering a number in the Screen refresh period text box.

L-click OK. Algorithm Steepest Descent Moves directly down the steepest slope of interatomic forces on the potential energy surface, making limited changes to the molecular structure.

This method is useful for correcting bad geometry or removing bad contacts. It is most effective when the molecular system is far from minimum, and is less satisfactory for macromolecular systems.

COMPUTOS Y PRESUPUESTOS CHANDIAS PDF

Equality PDF

Choose the Glucose command button to create a glucose residue in HyperChem. Choose the 14 connection type by selecting it from the list. Change f and y to Repeatedly click on the Glucose command button, once for each residue you wish to add to the chain. L-click in the upper right-hand corner of the Aldoses dialog box and the Sugar Builder Module to close the sugar builder. Switch back to HyperChem to view the polysaccharide. The module has is own structure, menus, and dialog boxes.

D&D MENZOBERRANZAN PDF

HyperCube HyperChem Professional 8.0.10 + Tutorials

Selects a desired capping group and set a dihedral angle. Loads the final alignment table to the program. Common The attached capping group is deleted at this stage. Tutorials to Help with 8. Uses Gaussian Interface for HyperChem Clicks on the cell corresponding to the retinal terminal carbon. Loads the structure of the bovine rhodopsin as a template into the HyperChem workspace.

Related Articles